肛周脓肿手术后有可能会导致大便失禁，主要是行肛周脓肿一次性根治术的患者。
肛周脓肿一次性根治术术中需要明确脓肿的内口位置，需要将脓腔以及内口一并切开，这就导致了手术切口和肛管之间是相通，术后患者如果大便过稀，有可能会通过手术切口溢出而引发大便失禁症状，绝大多数术后切口愈合后症状会消失。
极少数患者也有可能会出现严重的大便失禁，是由于术中操作不当所导致。例如，一些高位的肛周脓肿行一次性根治术，如果手术损伤了过多的肛门括约肌，就有可能导致术后患者出现大便失禁。