男性小便龟头疼可能为以下原因引起：
1.可能为龟头炎引起。由细菌或真菌等病原菌感染诱发龟头炎症，可使龟头局部红肿，严重者还可造成龟头局部黏膜破溃、渗出。在排尿时尿液会对红肿、破溃的局部黏膜形成刺激，进而引起小便时龟头疼痛。
2.也可能为前尿道炎症引起。由于前尿道部位存在炎症，炎性产物会对尿道不断形成刺激，可造成尿道口红肿，对尿道造成挤压。而且炎性刺激作用还可导致尿道黏膜水肿，进而在排尿时对水肿的尿道黏膜形成刺激，造成龟头局部放射性疼痛。
因此，男性小便时出现龟头疼痛应及早就诊，明确诊断具体的诱因后进行针对性治疗。