急性肠胃炎的病因就是感染。导致急性胃肠炎最常见的就是病毒，常见的病毒有轮状病毒、诺如病毒等。病毒感染导致的胃肠炎，以儿童最为常见，而且还可以在儿童聚集地发生传染。
细菌感染也是引起急性胃肠炎的主要原因。细菌感染主要见于夏季，如果人进食被细菌污染的食物，就可以引起急性的胃肠炎。常见的病原体以大肠杆菌为主，少数患者为痢疾杆菌。
此外，有些寄生虫也可以导致患者发生急性胃肠炎，比如阿米巴原虫。有些人对食物过敏也会出现急性胃肠炎，属于非感染性的因素引起。