卵巢巧克力囊肿一般都不会变小。卵巢巧克力囊肿一旦是出现了，只要是卵巢还有内分泌的功能，还在周期性的来月经，它就不会自动的萎缩掉的。
育龄期的女性如果不用激素类药物治疗，卵巢巧克力囊肿常常就会发生进行性的体积增大。如果是用各种药物做假绝经治疗，抑制雌激素的作用，卵巢巧克力囊肿也是有可能会体积逐渐的缩小。
但是假绝经治疗一般不会持续时间长，也是会在停药之后疾病反弹的。在卵巢失去功能绝经之后，体积不大的卵巢巧克力囊肿，也有的就会逐渐萎缩消失的。