根尖脓肿在有脓的情况下，一般不主张当时就拔牙。因为这种有脓的情况下，如果进行拔牙，可能造成局部的细菌进入拔牙的创口，进入血液中，引起一些全身症状，有时候还会造成局部拔牙创感染和不愈合。
一般根尖脓肿，如果明显有脓，需要先进行切开引流，让脓液充分流出，然后进行局部冲洗换药，让脓液最大程度减少。在根尖脓肿基本消失以后，再通过拔牙治疗的方式，彻底去除病灶，去除病根，使疾病得到缓解。
也有些根尖脓肿脓液比较少，通过切开引流的方式比较难以缓解或是引流，这种情况下在合理使用抗生素预防细菌引起菌血症的情况下，也可以拔牙。拔牙以后通过拔牙创进行脓肿引流和冲洗，也能够保证伤口愈合和好转。
像第二种情况，脓肿不能特别明显。在拔牙之前，要采取一些必要的防范措施，比如口服抗生素，尽量减少拔牙损伤。通过这些措施避免脓肿引起拔牙后的全身症状，避免脓肿造成局部拔牙创感染。