沙眼的并发症有：
一、沙眼性上睑下垂，沙眼感染早期即可出现，上睑提举无力，在早期是沙眼引起的浸润、充血、水肿而使上睑重量增加。晚期则由于米勒氏肌被破坏、疤痕形成、失去收缩能力而形成永久性上睑下垂。
二、睑内翻和倒睫。比较常见，发生在疤痕期，由于结膜疤痕收缩和睑板弯曲畸形，上睑板呈独木舟状，向内弯曲。睑缘后唇失去正常锐角形态，而产生睑内翻倒睫。常引起角膜弥漫性混浊，称为外伤性浅层角膜炎。有时角膜发生上皮细胞增生，新生血管长入，视力减退。因而睑内翻倒睫是沙眼致盲的主要原因之一。
三、慢性泪囊炎。
四、角膜溃疡。沙眼病变引起的角膜溃疡常见的的有三种形态：
位于角膜血管翳之间的小点状溃疡，发生在血管翳前端的新月形浅层溃疡，发生在角膜中央的圆形浅层溃疡。
五、睑球黏连，为结膜疤痕所致，穹窿部变浅，以下穹窿部为明显。当牵引下睑时，眼睑和眼球之间的结膜牵出了垂直皱襞，这种情况称为睑球后黏连。
六、眼干燥症，见于严重沙眼瘢痕期，沙眼病变破坏了杯状细胞和副泪腺，结膜疤痕阻塞了泪腺内管，以致结膜不能被湿润而逐渐干燥，严重病例角膜也受累，结膜、角膜失去光泽，呈灰白色浑浊，继而上皮细胞变厚、角化呈皮肤样，视力极度减退。