连续吃避孕药也不会引起巧克力囊肿的发生。巧克力囊肿的发生、长大和是否吃避孕药没有任何相关性，吃短效避孕药反而是有可能会抑制巧克力囊肿的增长。
巧克力囊肿的发生主要是和先天的因素有关，是和遗传有一定的相关性，这个是属于雌激素依赖性疾病，在卵巢还有功能的阶段，还在周期性的分泌雌激素的年龄，是不会自动缩小。
有的是需要因为体积的问题或者可能发生病变，或者影响到怀孕的几率等，而需要手术治疗，也有的是可以等到绝经之后，有的就会自动消失，而避免手术。