流感嗜血杆菌感染的治疗重点，在于选择敏感的抗生素抗感染治疗。首先需要完善血常规、痰培养、血培养以及胸部X线或CT 等检查，以明确感染的部位和感染的严重程度，再选择敏感的抗生素抗炎处理。
通常情况下是选用二代或三代头孢菌素类或联合使用大环内酯类、呼吸喹诺酮类的抗生素抗感染治疗。此时不建议单纯使用青霉素抗感染，因为此药对流感嗜血杆菌不敏感。
另外加强支持对症处理，例如出现畏寒发热的患者要予以退热，配合必要的止咳祛痰等治疗。流感嗜血杆菌的肺炎其治疗时间一定要足，通常需要10到14天左右，患者的预后相对良好治疗效果也比较理想。