孕妇一般是不能做肠镜检查的。肠镜也就是电子结肠镜检查，本身是一种有创性的操作，对结直肠存在刺激，容易导致流产、早产。
当孕妇出现腹泻、腹痛表现时，可以先调整饮食，吃一些清淡容易消化的食物，也可以用一些药物，比如肠道益生菌制剂和蒙脱石散，尽量不要进行一些有创检查。当分娩后，可以进一步做电子结肠镜检查明确原因。
此外，建议有怀孕打算女性，在妊娠前进行身体全面的检查包括电子胃肠镜检查，有些必须治疗的疾病可以在怀孕前治疗，比如治疗消化性溃疡、拔智齿、根除幽门螺杆菌、镜下治疗肠息肉等。