对于支原体感染引起的肺炎的患者，可以服用的药物有常用的有大环内酯类抗生素。一般可以选择阿奇霉素、红霉素、罗红霉素类药物治疗。但是要注意对于支原体肺炎的患者服用的周期要较长，建议服用两周左右。
也要特别注意，对于大部分患者支原体肺炎感染容易对于大环内酯类出现耐药的情况。对于出现耐药的患者，可以选择喹诺酮类药物治疗。常用的可以选择左氧氟沙星、莫西沙星、克拉霉素等针对支原体治疗。
在服用抗支原体药物的同时，一定要注意监测肝功能，避免出现肝功能的损害。另外，对于服药治疗以后的患者，一定要注意复查支原体的抗体是否有下降的趋势。