很多患者单纯性的肾结石并没有任何的临床症状，只是在查体时发现有肾结石。
肾结石的患者如果导致肾积水，可以出现腰部的疼痛，如果肾结石活动可以出现突然发作的肾绞痛，肾绞痛可以并发恶心呕吐等胃肠道症状。
当结石活动导致黏膜损伤时，可以出现血尿。当肾结石导致梗阻，出现肾积水后，可以并发出现泌尿系感染，可以伴有发热，寒战等全身性症状，感染严重时可以出现感染性休克。当肾结石完全将肾盂梗阻，可以出现急性或慢性的肾功能不全。