针灸疗法治疗功能性便秘，需要明确疾病的治疗原则。
针灸处方刺灸方法，以及根据中医辨证论治的随证配穴。本病主要的治疗原则为调理肠胃行滞通便，主要的针灸处方为。以足阳明胃经的经穴为主，主要取丰隆穴、水道穴、归来穴、大肠俞、天枢穴、支沟穴、上巨虚。
根据辨证论治，随证配穴。热秘者加合谷穴、内庭穴；气秘者加中脘穴、太冲穴；冷秘者加神阙穴；关元穴；气虚者加脾腧穴，气海穴；血虚加足三里，三阴交；阳虚者加肾俞、关元；关元穴可以用灸法；阴虚者加三阴交。