牙齿上长小黑点可能有以下几方面原因：
1.龋齿。龋齿是发生在牙体硬组织的，慢性进行性破坏性疾病。口腔卫生不良时，口腔微生物形成牙菌斑生物膜附着在牙齿表面，口腔微生物在牙菌斑生物膜环境中，利用食物残渣代谢产酸发酵，造成牙釉质脱矿、脱钙，继而有色素沉积，可以有小黑点样表现，尤其是发生在牙齿的点隙裂沟处明显。
2.外源性色素沉积。牙齿上长的小黑点，还可能是外源性色素沉积。比如本身釉质发育不良，釉质有点状缺损而同时出现口腔卫生不良，有长期吸烟、喝浓茶等重色素摄入的习惯，吸附在不是很光滑的牙釉质表面会呈现小黑点样改变。