大多数的结肠息肉都可以微创切除，也就是经内镜下切除手术，包括内镜下圈套电切、内镜下黏膜切除以及内镜下黏膜剥离术等等。
由于结肠息肉有恶变的可能性，对于一些微创切除，术后病理显示息肉有癌变的，有可能需要进行补救性的根治切除手术。但对于一些基底非常广、息肉比较大、无法在内镜下施行手术，或者怀疑其已经有恶变的情况下，应考虑行手术切除。
目前由于微创外科的发展，即使行手术根治性切除，也可以在腹腔镜下完成，也属于微创手术，术后恢复也比较快。