气管切开是一种有创性的操作，有一定的危险和副作用。
首先，气管切开后容易出现感染的情况。因为手术有切口可以有痰液污染、空气污染，还有病人自身的感染灶都会出现创口处的感染。所以，要严格执行无菌操作，防止交叉感染。
其次，会有局部出血。气管插管和气管切开，可以使局部皮肤及甲状腺组织损伤，引发出血。在气管切开的时候，容易并发出血而导致窒息的风险。
再次，操作时易损伤喉返神经，导致声音嘶哑。另外，可能会损伤甲状旁腺。