通常根据支原体感染的病情和程度，决定患者是否需要住院。支原体所引起的感染病情轻重不一，其治疗的途径和方法也稍有不同。
对于轻度呼吸道支原体感染是不需要住院治疗，通过门诊完善支原体抗体检测、血常规、胸部X线或CT检查，即可以诊断，此时对于此类轻度支原体感染的患者，在门诊予以口服敏感抗生素消炎治疗，即可使其治愈。
如果是支原体肺炎其肺部感染程度相对于较严重，伴有畏寒、发热、胸闷等不适，特别是婴幼儿和老年患者，此时患者是需要住院进一步诊治。
对于由支原体引起的尿路感染，一般也是不需要住院治疗，患者病情相对较轻，通过口服和局部用药是可以使其治愈。