附睾头囊肿一般是由于附睾和睾丸组织血液循环不良有关，或者是由于附睾和睾丸组织炎症，引起附睾腺管堵塞引起。例如在患有附睾炎和睾丸炎，或者其他附睾类疾病后，没有积极治疗，就容易引起附睾腺管堵塞，从而导致附睾头囊肿。
其次，在患有精索静脉曲张或者腹股沟斜疝时，会影响附睾正常新陈代谢，这种情况下也会引起附睾头囊肿。
附睾头囊肿容易影响精子质量，所以患病后需要做睾丸和腹股沟超声检查，明确具体病因，然后积极给予治疗。