附睾头囊肿的大小不同，治疗方案也不一样。
如果是比较小的附睾头囊肿，没有引起明显的症状，可以通过一些物理疗法进行改善，比如微波理疗、热敷等，能够使局部的血液循环增快，从而使囊肿逐渐地萎缩或者变小，甚至使囊肿完全消失。
如果附睾头囊肿较大或者是引起了明显的临床症状，在经过综合评估以后可进行手术治疗，通过手术将囊肿完整地进行切除。在手术后还需要配合使用抗生素类的药物，避免术后出现感染。在术后大多数患者预后较好，复发率较低。