通常病毒性脑炎预后较好，具有自限性。病毒性脑炎经过正规的治疗，临床不会留有后遗症，很少复发。
但是病毒性脑炎本身患者血脑屏障较薄弱，如果再遇到感冒或腹泻等感染症状时，可能会再次感染引起病毒性脑炎发生。此时，发生的病毒性脑炎并不是上一次病毒性脑炎的复发，而是新发的病毒性脑炎。
故而病毒性脑炎患者即使治愈后，也尽量远离感染人群，注意室内通风，避免受凉，注意保暖，避免感冒、腹泻等症状发生。总之，病毒性脑炎并不容易复发。