新型冠状病毒可能会攻击人体的中枢神经系统。在新型冠状病毒肺炎死亡患者尸体解剖时发现，患者神经元有脱失和损伤，脑组织有充血、水肿，并且在脑血管周围有淋巴细胞和单核细胞等炎性细胞的浸润，都提示着病毒对中枢神经系统造成的损伤。
有病例报告，患者曾出现中枢神经系统损伤的症状，出现嗜睡、意识障碍等临床表现，并且在脑脊液中检测出新型冠状病毒核酸的片段、均提示着病毒会攻击中枢神经系统。
如果患者出现了中枢神经系统受累症状，要注意改善患者的氧合，以防止缺氧造成的脑损伤。另外，可以使用有潜在抗病毒治疗作用的药物进行抗病毒治疗。