1.实验室检查：可以进行血、尿、便、常规生化及电解质等常规检查。
2.X线检查 ：(1)腹部透视和腹部平片：有时可见胆囊内积气，是诊断十二指肠内瘘的间接依据，但是需要排除产气杆菌引起的急性胆囊炎的疾病；(2)消化道钡剂造影：消化道钡剂造影能提供内瘘存在的直接依据，可显示十二指肠内瘘瘘管的大小、走行方向、有无岔道及多发瘘。(3)静脉肾盂造影：十二指肠肾盂(输尿管)瘘患者进行此项检查时，肾的功能遭到破坏，常不能显示瘘的位置，可以从肾的病变提供瘘的诊断线索。
3.超声、CT、MRI检查：可从不同角度不同部位显示肝内外胆管结石及消化道病变的部位、范围及胆管的形态学变化，对十二指肠内瘘的诊断提供间接的诊断依据。
4.ERCP检查。根据这些检查结果，结合病人的病情以及病史，可以明确十二指肠内瘘的诊断。