真菌性巩膜炎临床表现为进展缓慢的坏死性巩膜炎，其症状包括眼红 、眼痛、畏光、流泪、视力下降、结膜囊分泌物。本病临床症状相对于细菌感染导致的症状轻，病程长。
病变区域表现为病变区巩膜局限性炎症浸润，颜色呈暗红色，其周围伴有片状无血管区，导致巩膜坏死变薄。坏死区周围巩膜水肿，表层巩膜血管扩张迂曲。
愈合后呈现灰蓝色外观，也可伴有角膜真菌感染，出现真菌性角膜炎相关体征。表现为角膜中央浸润，或无光泽呈苔垢状溃疡，甚至伴有前房积脓。