窦性心率不齐的病人可以服用酒石酸美托洛尔、琥珀酸美托洛尔、比索洛尔等抗交感神经兴奋治疗心律不齐，还可以服用稳心颗粒、参松养心胶囊等中成药物，改善心脏循环，治疗心律失常。
还可以积极治疗原发病，更能够立积极的治疗窦性心律不齐，如患者合并有冠状动脉粥样硬化性心脏病，则可以应用单硝酸异山梨酯扩冠治疗，应用阿司匹林、氯吡格雷口服抗血小板聚集治疗。
应用瑞舒伐他汀或阿托伐他汀稳定粥样斑块治疗，应用依那普利、贝那普利、缬沙坦、坎地沙坦等防止心室重构治疗，还可以应用冠脉内支架植入术，打通冠脉血管、改善血流、改善心肌供血以治疗窦性心律不齐。