单纯疱疹性脑炎的确诊主要通过以下几方面：
脑脊液检查。脑脊液检查是确诊单纯疱疹性脑炎最重要的依据，对于单纯疱疹性脑炎的患者，脑脊液的改变一般没有太大的异常。患者的脑脊液外观是清亮的，细胞数一般为正常或者轻度升高、糖及氯化物是正常，这些特点可以有助于区别其他类型的脑炎，比如结核性脑炎、细菌性脑炎等。
除了脑脊液检查，临床症状、脑电图、头颅核磁共振等检查也是确诊单纯疱疹性脑炎的依据。单纯疱疹性脑炎的症状主要包括发热、头痛、精神症状、继发性癫痫等。但是，这些症状并没有明显的特异性，其他类型的脑炎也可出现这些症状。
此外，患者的脑电图可以有异常的脑电改变，这些改变同样没有特异性的依据。因此，单纯疱疹性脑炎的确诊主要还是依赖于腰穿脑脊液检查。