体温39度多一晚上是不是有事，需要根据具体情况进行分析。
体温超过39度，即为高热的情况，引起高热的原因比较多。如果是受凉、感冒引起的发热，个人体质比较好，没有其他不适症状，这个一般没有什么问题。可以通过多喝水，适当地应用感冒药治疗，一般就可以恢复正常。如果是病人的体质比较差、身体虚弱，再出现发热的情况，可能会加重病人原发病的病情。所以，这种情况就容易出现问题，需要及时检查引起发热的具体原因，比如有没有继发性感染的情况，病情加重的情况，需要及时地控制感染，进行治疗。
建议及时检查血常规、胸片等，明确原因，同时建议发热的病人，首先进行物理降温，不要盲目地使用多种药物进行治疗，避免掩盖病情。