引起习惯性流产考虑与遗传因素、母体自身因素和环境因素有关系。如果怀孕的胚胎出现了染色体异常，大多数都会发生流产，与父亲和母亲的染色体都有关系。即使少部分发育成胎儿，但是出生后也会因为功能异常出现新生儿畸形。
孕妇自身，比如黄体功能不全、甲状腺功能低下、先天性子宫畸形、纵隔子宫、孕妇自身免疫出现异常，孕妇感染了某些细菌、病毒也会导致胎儿发生流产，引起习惯性流产。
如果所处的环境受到污染，砷、铅、甲醛等化学物质和放射物质过多接触也会引起习惯性流产。