胎儿先天畸形的造成，有的并不能够找到明确的原因，只是因为胎儿的染色体发生突变导致。
也有的胎儿畸形的发生是和孕妇接触了各种不良因素有关，比如有的是因为孕前和孕早期缺乏叶酸，导致胎儿神经管缺陷的发生几率增高。也有的是因为接触有污染的环境，有污染的工种等，而导致胎儿发生畸形的几率增高。孕妇在怀孕前和怀孕早期的血糖高，也是会导致胎儿的畸形几率，和将来发生流产和死胎的几率明显增高。
所以在怀孕前和怀孕早期都要注意保护自己，也要注意做必要的孕前检查，这样才可以减少胎儿畸形的发生。