通常情况下，诊断肝癌最好的指标是甲胎蛋白的检测。
在临床当中，如果甲胎蛋白检测的指标出现明显增高，比如甲胎蛋白的数值大于等于500μg/L持续一个月，或者甲胎蛋白的数值大于等于200μg/L持续两个月以上，并且能够排除妊娠、活动性肝病、生殖腺胚胎性肿瘤等情况，就应该高度警惕原发性肝癌的存在。
需要注意的是，一些良性的肝脏疾病，比如慢性肝炎、肝硬化的患者也可以出现甲胎蛋白升高的现象。但绝大多数的良性肝病的病人，甲胎蛋白检测的数值要小于两百微克每升，需要注意鉴别。