小儿骨髓炎并不一定要做手术，这也需要根据病情及患儿症状决定。
如果发现及时，症状不严重，可以进行保守的治疗，应用广谱抗生素，结合病菌培养试验，应用相关的抗菌素进行治疗，如阿莫西林、万古霉素、克林霉素等。只要发现，治疗及时，病情可以得到有效控制，无需手术治疗。如果病情发现较晚，伴有严重的软组织肿胀、疼痛、椎体塌陷等。单纯的抗生素治疗没有效果，就需要通过手术治疗，如刮除术、减压术、开放植骨等。
另外，部分难以愈合的病变区域，为防止其发生癌变，必要时要进行截肢治疗。