射精管囊肿是否能自愈，一般和射精管囊肿大小有关。
例如射精管囊肿较小，通常可以自愈。期间可以大量饮水，经常按摩会阴部位和腹部，以促进囊肿吸收。此时射精管囊肿，一般不会引起人出现明显的射精和排尿异常现象。
但是如果患者平日经常出现射精疼痛、精液带血或者尿频尿急等症状时，通常考虑囊肿体积较大，一般不会自愈，需要服药保守治疗或者手术治疗才可以康复。康复期间建议不要频繁同房和手淫，会影响囊肿康复。