较小的射精管囊肿，可以通过吃药方式保守治疗，治疗后囊肿消散。主要是针对小囊肿，并且症状轻、没有并发症的患者。
治疗后改善症状促使囊肿消散，需要给以抗生素药物口服，并且对症止血药物的联合应用。根据个体的具体病情，必要时还需要给以还原酶抑制剂药物应用，用药疗程相对较长，可能需要一到三个月的时间。需要做好心理调整，做好较长时间服药的心理准备。
治疗恢复期间，需要忌口辣椒以及饮酒，养成饮水习惯。有利于改善症状、缩短治疗恢复时间。