食管囊肿术后复发的几率并不是很高，估计在1%~2%左右。但是也有个别的人可能会出现明显的恶变，主要是因为在手术过程中可能没有重视处理，导致食管因此损伤。
食管囊肿的手术，大部分都是选择外科手术，只要粘连的情况不严重，都能够清除。
但如果囊肿和食管还有支气管粘连时，可能就会导致切除受到一定影响，也有一些囊肿比较巨大。所以就会出现合并症，在手术过程中也会出现一定的困难。这种情况在接受手术之后，也有可能会导致再一次的复发。