对于颅颈交界处有畸形的患者，可进行后颅窝减压，将脑脊液循环重新建立以后，大部分的脊髓空洞会逐渐地消失和好转。
如果是外伤、炎症、出血造成的脊髓空洞，很多是继发性的，这些脊髓空洞，如果不影响症状，可以不去处理。
如果考虑是脊髓空洞引起的脊髓功能的症状加重，要做手术治疗，将空洞内的水引出。还有一些少见的脊髓空洞是肿瘤引起的，比如血管网织细胞瘤、毛细胞胶质瘤。肿瘤也会有一个比较大的脊髓空洞、囊液，不仅仅是要将囊液拿掉，而且还要将肿瘤拿掉，这样才会彻底地病因治疗。