病毒感染和细菌感染的最大区别，是二者的致病微生物不同，细菌感染的病原体是细菌，病毒感染的病原体是病毒。
二者的临床症状也存在差异性，其中病毒感染多以全身肌肉关节酸痛、身体乏力等症状为主。如果是细菌感染，很有可能会出现高热、畏寒等症状为主的表现。不过二者都有可能会出现发热、流涕、打喷嚏等症状，所以单从症状无法进行详细地区分，还需要借助相关化验来帮助判断。比如实验室检查中，病毒感染大多白细胞正常，而且细菌感染会出现白细胞明显升高的现象，其中主要是中性粒细胞升高。
二者的治疗方式也是不同，如果是病毒感染所致，需要应用抗病毒药物，而细菌感染需要应用抗生素。