病毒性感冒和细菌性感冒最主要的区别在于感染的病原体不同。病毒性感冒主要以病毒感染为主，而细菌性感冒主要以细菌感染为主，两者的治疗方式也会有明显的不同。
对于病毒性感冒来说，由于目前并无特效抗病毒药物，所以一般以对症治疗为主。注意休息，多饮水，保持室内空气流通，可以口服有抗病毒中作用的中药，有助于改善症状和缩短病程。
而对于细菌性感冒来说，必须使用抗菌药物，可以根据临床经验口服青霉素类，一代头孢菌素、大环内酯类或呼吸喹诺酮类的药物。