肛周脓肿早期，多数应采取用药保守治疗。
早期的肛周脓肿，脓腔并未形成或者脓肿并不成熟，可以先不手术治疗，而采取用药保守治疗。患者可以通过静脉或者口服使用抗生素控制感染。脓肿局部也可以外用消肿止痛的药物，例如痔疮膏、金黄散等缓解局部的症状。部分患者经保守治疗后症状会消失，局部红肿、疼痛症状也会逐渐消退，暂时不需要手术治疗。
但部分患者局部脓肿会逐渐形成并成熟，并出现明显的波动感，患者就需要行手术治疗，将脓腔切开引流。