心肌炎可以是病毒感染导致的，也可以是细菌、真菌、螺旋体、立克次体、原虫、蠕虫等感染也可以引起心肌炎，但相对少见，最常见的原因是病毒感染。
非感染性的心肌炎的病因包括药物、毒物、放射、结缔组织病、血管炎、巨细胞心肌炎、结节病等。起病急缓不定，少数呈爆发性，导致急性泵衰竭或猝死。病程多有自限性，但也可进展为扩张性心肌病。
多种病毒都可以引起心肌炎，柯萨奇b组病毒、孤儿病毒、脊髓灰质炎病毒的为最常见的病毒，尤其是柯萨奇b组病毒是最为常见的致病原因，约在30%到50%。