肛周脓肿手术治疗后有可能会出现复发。首先，有些肛周脓肿的脓腔之间会有间隔，脓腔范围比较大，跨越两个或两个以上的肛门周围间隙，如果手术时没有对脓腔彻底探查，遗漏了脓腔的处理，没有使各个肛周脓肿的脓腔均引流通畅，就有可能会导致术后复发。
其次，一些单纯行肛周脓肿切开引流术的患者，由于在术中没有处理内口，术后引流口完全愈合后，内口再次出现感染，就有可能会导致肛周脓肿术后复发。
所以，目前在临床上对于肛周脓肿一般都是采取一次性根治术，在第一次手术时就找到内口并切开内口，防止术后出现复发或者发展成为肛瘘。