如果脓肿出现了波动感，通常证明脓腔比较大，病情相对比较严重，这时候主要采取手术治疗。
手术方法有很多，需要根据患者的实际情况来制定对症方案，比如皮脂腺囊肿感染后诱发的脓肿一般是需要将整个脓腔进行完整的切除。如果是肛周脓肿，需要根据脓肿的位置和深度来决定手术方案，常规的手术方案包括脓肿切开引流术和肛周脓肿根治术。
脓肿手术后需要应用抗生素来控制感染，通常需要对脓液进行细菌培养来选择最敏感的抗生素治疗，达到最好的效果。