肛瘘有多个瘘管说明是复杂性肛瘘，治疗难度大，术后并发症多，复杂性肛瘘也分为低位和高位，其临床变现相同。
治疗术式多采用肛瘘切开引流术、肛瘘切除术或者部分切开内口引流术、肛瘘切开挂线部分缝合内口引流术、肛瘘多切口浮线引流术和挂线疗法。
其手术目的和原则是准确找到内口，彻底清除感染的肛窦、肛腺导管、肛腺、彻底清除主管和支管，开放引流，但是因为涉及到肛门括约肌和肛门直肠环，对于肛门直肠环未纤维化的手术，一定要慎重，容易引起肛门失禁严重并发症。