肛瘘在临床上都需要行手术治疗才能治愈，肛瘘的治疗方法分为保守治疗和手术治疗。
其中保守治疗，可以暂时性的控制肛瘘急性发作症状，但并不能完全治愈肛瘘，所以肛瘘患者如果想完全治愈，还是应该行手术治疗。
肛瘘的手术方式，需要结合瘘管的位置高低以及类型，对于低位的肛瘘，一般单纯行肛瘘瘘管切开术或者肛瘘瘘管切除术，就可以完全治愈，术后的复发率非常低；而高位肛瘘由于行一次性切开会导致肛门失禁，所以在临床上一般都行挂线术或者微创的lift手术，以防止术后的肛门失禁。