精子畸形率99%通常提示精子的畸形率偏高，属于非常严重的畸形精子症。这种情况会导致女性正常的受孕几率明显降低，是诱发男性不育的重要因素。
临床上造成男性精子畸形的原因比较多，可能为先天性的因素所引起，也可能为后天性的因素所致。先天性的因素常见于先天的染色体变异，会导致精子的畸形率增加。后天的因素常见于男性长期存在不良的生活习惯，比如经常酗酒、大量吸烟，或者长期接触化学原料、长期受到电离辐射等，都可造成精子畸形。
另外，一些疾病因素也可导致精子畸形率增加。比如慢性前列腺炎、精索静脉曲张、附睾炎等疾病，都可能造成睾丸损伤而引起精子畸形。