精子畸形率99%导致的怀孕，有可能会影响正常怀孕率，出现怀孕过程中流产、早产等。由于精子质量低下怀孕，对孩子的出生质量也可造成一定影响。
在有继续妊娠意愿的情况下，需要选择就近有资质的妇幼保健机构，孕期建卡，定期做孕期相关检查，监测孩子的生长、发育，以及相关的健康指标，最大限度避免流产、早产现象发生。监测过程中一旦发现孩子严重畸形缺陷，评估出生后生存困难，可考虑尽早安排人工终止妊娠。
为了健康怀孕，再次备孕前需要夫妻双方同时全面孕前健康体检。