吸收不良综合征的发病机制错综复杂，包括消化、吸收过程的障碍和共同的缺陷，主要考虑以下三个方面：
第一，肠腔内的原因，如果机体胰酶缺乏、胆盐缺乏、肠粘膜刷状缘酶缺乏，就会引起消化不良，从而导致吸收不良综合症发生。
第二，肠黏膜异常，如果机体小肠吸收面积不足、黏膜本身病变、肠壁浸润性病变，就会导致吸收困难。
第三，淋巴血流在运送过程中出现异常，如机体有小肠血运障碍、淋巴管阻塞、小肠淋巴瘤，特别是淋巴回流障碍影响脂肪及脂溶性维生素的吸收，也会引发吸收不良综合征。