一般卵巢巧克力囊肿是不会自己慢慢消失的。
因为卵巢巧克力囊肿是属于内膜异位症的一个现象，之后会随着月经周期的改变和刺激逐渐出现反复发作的情况。当然，卵巢巧克力囊肿也是有轻重程度之分的，一般对于轻度的患者并没有什么明显的症状，通常可以不用做特殊的治疗。
但是对于情况比较严重的患者，可能需要长时间服用激素类的药物，或者是直接选择手术来进行治疗。而且在恢复期间也一定要注意个人护理，预防卵巢巧克力囊肿反复发作，一般需要3个月到6个月复查一次。