先天性肠闭锁的诊断一经确立，需迅速进行术前准备施行手术。
手术方式需根据闭锁的位置、数目而定。常见的单发型空、回肠闭锁，可施行肠切除端端或端斜吻合术。患儿伴有低体重、多发性畸形或全身情况欠佳者，宜采用简捷术式，将扩张的近端肠管与远端肠管行T字形侧端吻合，近段肠管造瘘；也可将近端肠管与远端空肠倒T字形端侧吻合。远端肠管造瘘，术后给胃肠道外营养，2～3个月后全身情况改善后行关瘘手术。
对于多发性的闭锁，手术原则是妥善处理近端扩张肠管，最大限度保留小肠，尤其是保留末端回肠和回盲瓣。对瓣膜闭锁及狭窄的病例，可行瓣膜切除术。