真菌性肠炎不能使用抗生素类药物，真菌性肠炎多是由于感染真菌所引发的肠道炎症，主要多见于白色念珠菌感染，患有真菌性肠炎后，也有可能是由于长时间滥用抗生素所导致的，所以患有真菌性肠炎的患者不能使用抗生素类药物，需要足量、足疗程地使用抗真菌药物进行治疗。
真菌性肠炎除了与长期使用抗生素有一定的关系外，还与长期使用激素类药物、免疫抑制剂、放射性治疗等有一定关系。在进行治疗时需要去除诱因，然后针对病原菌进行抗菌治疗，同时还需要积极治疗原发性疾病和一些诱发因素。