卵巢囊肿6cm是否能自愈，需依据具体情况而定。
卵巢囊肿可分为生理性囊肿和病理性囊肿两种类型。如果是在排卵期出现的囊肿，这与月经周期有关，即使是6cm在月经来潮后也能自行消失，无需特殊处理。或者如果是由于怀孕所导致的卵巢黄体囊肿，也是能随着孕周的延长自行消失的。
但如果囊肿与这些特殊时期没有关系，则考虑为病理性囊肿，6cm的囊肿大小是存在手术指征的，需要通过手术治疗，并且在术后行组织的病理检查，以明确囊肿的具体性质再做进一步处理。
因此，如果发现了卵巢囊肿，不必过于担心，在没有不适症状的情况下，可观察后再行处理。