长时间蹲厕所的危害主要有腿麻、供血不足、便秘、痔疮、炎症等。蹲厕所的时间久了，双侧的坐骨神经、双下肢受到长时间压迫，会引起坐骨神经的麻木，导致患者出现腿麻的症状。蹲厕所时间过久，血液淤滞于下肢，导致脑供血不足，突然站起时会有头昏脑胀的症状。
长时间蹲厕所会分散注意力，可以减少排便的刺激，导致患者会出现便秘的症状。长时间蹲厕所，会引起直肠静脉曲张、淤血，甚至诱发痔疮。除此以外，身体免疫力差的患者长时间蹲厕所，厕所里面的毒物进入人体，会引起各种炎症，比如慢性阴道炎、肛门炎等。
除此以外，长时间蹲厕所还有可能导致胃肠功能紊乱、腹部胀气，形成粪便溃疡，诱发癌症。如果老年人长时间蹲厕所形成便秘，可能诱发心脑血管方面的疾病，建议患者尽量不要长期蹲厕所。