幽门螺杆菌的治疗方法是使用四联疗法进行治疗，是目前最先进，也是指南中首选的治疗方法。
四联疗法中有两种是选用抗生素进行治疗，比如使用克拉霉素、左氧氟沙星、阿莫西林、奥硝唑等抗生素，选择两种抗生素使用，选用一种质子泵抑制剂，代表药物有奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑、艾司奥美拉唑，以及选用一种铋剂比如枸橼酸铋钾、果胶铋等药物一起治疗。
四联疗法一般是使用7-14天，在治疗后再复查幽门螺杆菌是否还有感染。